داستان بازی Ghost of Tsushima روایتگر حمله مغول‌ها به جزیره سوشیما و مقابله شخصیت اصلی بازی یعنی جین ساکای با ارتش کوتهای خان نوه چنگیز است که برای حمله به ژاپن سال‌های زیادی مشغول به مطالعه فرهنگ و رسوم ژاپنی بوده. قصه گوست آو سوشیما روایتی ساده اما در عین حال جذاب دارد. جین ساکای که یک لرد جوان سامورایی است پس از حمله مغول‌ها به سختی زخمی شده و حتی تا آستانه مرگ پیش می‌رود اما به لطف کمک زن جوانی با نام «یونا» به زندگی بازمی گردد. جین نه تنها باید عموی خود را از چنگال کوتهای خان آزاد کند بلکه مقابل ارتش مغول ها را هم صف ارایی کند.
